En fait il faudrait qu'After Effects puisse lire les fichiers .fla pour pouvoir y contenir toutes les informations sur tes calques. A ma connaissance, je pense qu'il n'existe aucun plugin qui permet à AE de lire du .fla. Par contre j'ai vu qu'il y a un plug pour AE pour exporter en .fla
Sinon j'ai une solution un peu draconienne pour toi. Il suffit que tu exporte ton animation deux fois (en séquence TGA par exemple).
La première exportation est ton anim tel quel, avec tout les calques, et tout normal
Puis la seconde importation, c'est a nouveau toute ta sequence d'anim, mais avec tout les calques avec la luminosité de tes objets à ZERO. Pour que tout soit NOIR. Ainsi quand tes objets deviennent transparent, il seront gris.
Sous After Effects, il te suffit d'importer tes deux sequence et d'utiliser ta seconde comme calque de référence pour influer sur l'opacité de la première.
Donc pour cela, inverse les couleurs de ta deuxieme sequence. Pour que blanc = opaque et noir = transparant.
Et voilà, le tour est joué. Tu m'as suivi ?